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令和8年度 税制改正大綱を読む⑪【法人課税2】「強い経済」の実現に向けた対応(税額特別控除の見直し)

シリーズ11回目。

「法人課税」の2つ目。

テーマは…

「強い経済」の実現に向けた対応

だそうですが、そんな強気なタイトルで大丈夫でしょうか??

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まずは、国税から。

(1)特定生産性向上設備等投資促進税制の創設

産業競争力強化法の改正を前提に、青色申告書を提出する法人が、生産等設備を構成する機械装置、工具、器具備品、建物、建物附属設備、構築物及びソフトウエア(一定の規模以上のものに限る。)で、特定生産性向上設備等(仮称)(その法人が同法の改正法の施行の日から令和11年3月31日までの間に経済産業大臣の確認を受けたものに限る。)に該当するもの(以下「特定機械装置等」という。)の取得等をし、これを国内にあるその法人の事業の用(貸付けの用を除く。)に供した場合(その確認を受けた日から同日以後5年を経過する日までの期間内に、特定機械装置等の取得等をし、その事業の用に供した場合に限る。)には、その事業の用に供した日を含む事業年度においてその特定機械装置等について普通償却限度額との合計でその取得価額までの特別償却(即時償却)とその取得価額の7%(建物、建物附属設備及び構築物については、4%)の税額控除との選択適用ができることとする。
ただし、税額控除における控除税額は当期の法人税額の20%を上限とし、控除限度超過額は3年間の繰越しができることとする(所得税についても同様とする。)。

(注1)
上記の「生産等設備」とは、その法人の事業の用に直接供される減価償却資産で構成されているものをいう。なお、事務用器具備品、本店、寄宿舎等の建物、福利厚生施設等は該当しない。

(注2)
上記の「一定の規模以上のもの」とは、それぞれ次のものをいう。

① 機械装置 1台又は1基の取得価額が160万円以上のもの

② 工具及び器具備品 それぞれ1台又は1基の取得価額が120万円以上のもの(それぞれ1台又は1基の取得価額が40万円以上で、かつ、一事業年度におけるその取得価額の合計額が120万円以上のものを含む。)

③ 建物 一の取得価額が1,000万円以上のもの

④ 建物附属設備及び構築物 それぞれ一の取得価額が120万円以上のもの(建物附属設備については、一の取得価額が60万円以上で、かつ、一事業年度におけるその取得価額の合計額が120 万円以上のものを含む。)

⑤ ソフトウエア 一の取得価額が70万円以上のもの

(注3)
上記の「特定生産性向上設備等」とは、産業競争力強化法の生産性向上設備等のうち、次の基準に適合することについて経済産業大臣の確認を受けたものをいう。

① 生産性向上設備等の導入に係る投資計画に記載された生産等設備を構成する生産性向上設備等の取得価額の合計額が35億円以上(中小企業者又は農業協同組合等については、5億円以上)であること。

② 生産性向上設備等の導入に係る投資計画における年平均の投資利益率が15%以上となることが見込まれるものであること。

③ 生産性向上設備等の導入に係る投資計画にその実現に必要な資金調達手段が記載されていること。

④ 生産性向上設備等の導入に係る投資計画が取締役会等の適切な機関の意思決定に基づくものであること。

⑤ 上記のほか、生産性向上設備等の導入がその法人の設備投資を増加させるものであること等の要件を満たすものであること。

(注4)
上記の「取得等」とは、取得(その製作又は建設の後事業の用に供されたことのないものの取得に限る。以下同じ。)又は製作若しくは建設をいい、建物にあっては改修(増築、改築、修繕又は模様替をいう。)のための工事による取得又は建設を含む。

(注5)
控除限度超過額の繰越控除は、産業競争力強化法の改正法の施行の日から令和11年3月31日までの間に予見し難い国際経済事情の急激な変化に対応するための計画について産業競争力強化法の認定を受けた法人(繰越控除の適用を受けようとする事業年度終了の日までに、その認定を取り消された法人又はその認定に係る計画の計画期間が終了した法人を除く。)で予見し難い国際経済事情の急激な変化への対応を確実に実施していることについて経済産業大臣の確認を受けたものに限り、適用できることとする。

(注6)
中小企業者(適用除外事業者に該当するものを除く。)又は農業協同組合等以外の法人の所得の金額が前期の所得の金額を超える一定の事業年度で、かつ、次のいずれかに該当しない事業年度においては、本制度(繰越税額控除制度を除く。)を適用しないこととする。

① 継続雇用者給与等支給額の継続雇用者比較給与等支給額に対する増加割合が1%以上(資本金の額等が10億円以上であり、かつ、常時使用する従業員の数が1,000人以上である場合又は常時使用する従業員の数が2,000人を超える場合には、2%以上)であること。

② 国内設備投資額が当期償却費総額の30%(資本金の額等が10億円以上であり、かつ、常時使用する従業員の数が1,000人以上である場合又は常時使用する従業員の数が2,000人を超える場合には、40%)を超えること。

(注7)
特定生産性向上設備等に係る投資計画の確認を受けた法人については、その投資計画の期間中においては、次の制度(②の制度のうち繰越税額控除制度を除く。)の適用を受けることができないこととする。

① 地域経済牽引事業の促進区域内において特定事業用機械等を取得した場合の特別償却又は税額控除制度

② 中小企業者等が特定経営力向上設備等を取得した場合の特別償却又は税額控除制度(中小企業経営強化税制)

③ カーボンニュートラルに向けた投資促進税制

(2)研究開発税制について、次の見直しを行う(所得税についても同様とする。)。

① 重点産業技術試験研究費の額に係る税額控除制度の創設

産業技術力強化法の改正を前提に、青色申告書を提出する法人で同法の改正法の施行の日から令和11年3月31日までの間に産業技術力強化法の重点研究開発計画(仮称)につき同法の認定(以下「認定」という。)を受けたもの(以下「認定研究開発法人」という。)の適用期間内の日を含む各事業年度において、重点産業技術試験研究費の額(一般試験研究費の額に係る税額控除制度、中小企業技術基盤強化税制及び特別試験研究費の額に係る税額控除制度の適用を受ける場合のその適用を受ける金額を除く。)がある場合には、重点産業技術試験研究費の額の40%(特別重点産業技術試験研究費の額の場合には、50%)の税額控除ができることとする。
ただし、控除税額は、当期の法人税額の10%を上限とし、控除限度超過額は3年間の繰越しができることとする。

(注1)
上記の「適用期間」とは、重点研究開発計画の認定を受けた日(認定日)から同日以後5年を経過する日(5年経過日)までの期間をいい、その認定に係る重点研究開発計画の計画期間の終了の日(計画期間終了日)が5年経過日前の場合には、認定日から計画期間終了日までの期間をいう。

(注2)
上記の「重点産業技術試験研究費の額」とは、認定研究開発法人が、適用期間内において支出するその認定に係る重点研究開発計画に従って行う特定重点研究開発に係る試験研究費の額をいう。

(注3)
上記の「特別重点産業技術試験研究費の額」とは、重点産業技術試験研究費の額のうち産業技術力強化法の重点産業技術共同研究開発機関(仮称)と共同して行う試験研究又は重点産業技術共同研究開発機関に委託する試験研究に係るものをいう。

(注4)
上記の「特定重点研究開発」とは、産業技術力強化法の重点産業技術(仮称)(AI・先端ロボット、量子、半導体・通信、バイオ・ヘルスケア、フュージョンエネルギー、宇宙)のうち特に早期の企業化が期待されるものとして一定の基準に該当するものに関する研究及び開発であることにつき確認を受けた研究及び開発をいう。

(注5)
繰越税額控除制度は、認定研究開発法人が繰越税額控除の適用を受けようとする事業年度において試験研究費の額が前期の試験研究費の額を超える場合に限り、適用できることとする。

(注6)
通算法人については、次のとおりとする。

イ 通算グループを一体として計算した税額控除限度額(以下「重点産業技術試験研究費基準額」という。)と通算グループを一体として計算した控除上限額(以下「法人税額基準額」という。)とのうちいずれか少ない金額に控除分配割合を乗じて計算した金額(以下「税額控除可能分配額」という。)を税額控除額とする。

ロ 繰越税額控除制度の適用要件(上記(注5))については、通算グループ全体の試験研究費の額により判定することとする。

ハ 通算法人ごとに、次の金額の合計額(繰越通算税額控除限度超過額)と当期の法人税額の10%相当額(当期に税額控除可能分配額がある場合には、税額控除可能分配額を控除した残額)とのうちいずれか少ない金額を繰越税額控除額とする。

(イ)その事業年度開始の日前3年以内に開始した各事業年度の重点産業技術試験研究費基準額が法人税額基準額を超える場合におけるその超える部分の金額に、その各事業年度の控除分配割合を乗じて計算した金額(前事業年度までに繰越控除の適用を受けた金額を除く。)

(ロ)通算法人のその事業年度前3年以内に開始した各事業年度において生じた控除限度超過額(前事業年度までに繰越控除の適用を受けた金額を除く。)

ニ 通算グル-プ内の他の法人の各事業年度の重点産業技術試験研究費の額等が確定申告書に記載された各事業年度の重点産業技術試験研究費の額等と異なる場合には、確定申告書に記載された各事業年度の重点産業技術試験研究費の額等を各事業年度の重点産業技術試験研究費の額等とみなすほか、所要の措置を講ずる。

② 一般試験研究費の額に係る税額控除制度について、次の見直しを行う。

イ 令和9年4月1日以後に開始する各事業年度の税額控除率を次のとおり見直し、その上限を14%(原則:10%)とする特例の適用期限を3年延長する。

(イ)増減試験研究費割合が3%以下の場合
8.5%+(増減試験研究費割合-3%)×13 分の8.5

(ロ)増減試験研究費割合が3%超15%以下の場合
8.5%+(増減試験研究費割合-3%)×0.25

(ハ)増減試験研究費割合が15%超である場合
11.5%+(増減試験研究費割合-15%)×0.375

ロ 増減試験研究費割合が4%を超える場合又は増減試験研究費割合がマイナス4%を下回る場合の控除税額の上限の特例について、令和9年4月1日以後に開始する各事業年度の控除税額の上限について、増減試験研究費割合が7%を超える部分1%当たり当期の法人税額の0.625%(5%を上限とする。)を加算し、増減試験研究費割合がマイナス1%を下回る部分1%当たり当期の法人税額の0.625%(5%を上限とする。)を減算する特例とした上、その適用期限を3年延長する。

ハ 試験研究費の額が平均売上金額の10%を超える場合における税額控除率の特例及び控除税額の上限の上乗せ特例の適用期限を3年延長する。

③ 中小企業技術基盤強化税制について、次の見直しを行う。

イ 増減試験研究費割合が12%を超える場合の税額控除率の特例及び控除税額の上限の上乗せ特例の適用期限を3年延長する。

ロ 試験研究費の額が平均売上金額の10%を超える場合における税額控除率の特例及び控除税額の上限の上乗せ特例の適用期限を3年延長する。

ハ 控除限度超過額については、3年間の繰越しができることとする。

(注1)
繰越税額控除制度は、繰越税額控除の適用を受けようとする事業年度において試験研究費の額が比較試験研究費の額を超える場合に限り、適用できることとする。ただし、一般試験研究費の額に係る税額控除制度の適用を受ける事業年度は適用できないこととする。

(注2)
通算法人については、次のとおりとする。

(イ)繰越税額控除制度の適用要件(上記(注1))については、通算グループ全体の試験研究費の額により判定することとする。

(ロ)通算法人ごとに、次の金額の合計額(繰越通算税額控除限度超過額)と当期の法人税額の25%(控除上限の上乗せ特例の適用がある場合には、その適用後の割合)相当額(当期に税額控除可能分配額がある場合には、税額控除可能分配額を控除した残額)とのうちいずれか少ない金額を繰越税額控除額とする。

a その事業年度開始の日前3年以内に開始した各事業年度の通算グループを一体として計算した税額控除限度額が通算グループを一体として計算した控除上限額を超える場合におけるその超える部分の金額に、その各事業年度の控除分配割合を乗じて計算した金額(前事業年度までに繰越控除の適用を受けた金額を除く。)

b 通算法人のその事業年度前3年以内に開始した各事業年度において生じた控除限度超過額(前事業年度までに繰越控除の適用を受けた金額を除く。)

(ハ)通算グル-プ内の他の法人の各事業年度の試験研究費の額等が確定申告書に記載された各事業年度の試験研究費の額等と異なる場合には、確定申告書に記載された各事業年度の試験研究費の額等を各事業年度の試験研究費の額等とみなすほか、所要の措置を講ずる。

④ 特別試験研究費の額に係る税額控除制度について、次の見直しを行う。

イ 大学等との共同研究及び大学等への委託研究に係る試験研究費の額について、共同研究又は委託研究に要した費用であることにつき、監査を受け、その大学等の確認を受けた金額であることとの要件について、次の要件を満たすことにつき経済産業大臣の指定を受けた大学等については、その大学等の長が認定した金額とする。

(イ)大学等に企業との共同研究及び企業からの委託研究(以下「共同研究等」という。)についての管理を行う業務を集約する専門の部署が設置されていること等その大学等が共同研究等を行うに当たって管理を行うための体制が十分なものであると認められること。

(ロ)その大学等の規則において共同研究等についての管理に関する業務方法等が定められており、その業務方法等が共同研究等を実施するに当たって適切なものであると認められること。

(ハ)その大学等において共同研究等についての企業との間の連絡調整及び事務手続に関する方法が具体的に定められていること。

ロ その用途に係る対象者が少数である医薬品に関する試験研究に係る試験研究費の額について、その医薬品に関する試験研究に係る試験研究費の額の全部又は一部につき重点産業技術試験研究費の額に係る税額控除制度の適用を受ける場合におけるその医薬品に関する試験研究に係る試験研究費の額を特別試験研究費の額に係る税額控除制度の対象外とする。

ハ 新規高度研究業務従事者に対して人件費を支出して行う試験研究について、次の見直しを行う。

(イ)新規高度研究業務従事者の範囲に、博士の学位を授与された者(その授与された日以後5年以内にその法人の役員又は使用人となったものに限る。)で、その法人の役員又は使用人となった日から5年を経過していないものを加える。

(ロ)その内容に関する提案が広く一般に又は広くその法人の使用人に募集されたこととの要件について、その内容に関する提案が広く一般に又は広くその法人の試験研究に専ら従事する使用人に募集されたこととする。

(ハ)その内容がその試験研究に従事する新規高度研究業務従事者から提案されたものであることとの要件について、その内容がその試験研究に専ら従事する使用人から提案されたものであることとする。

⑤ 他の者に委託する試験研究(契約又は協定により委託する試験研究でその委託に基づき行われる試験研究が国外において行われるものに限る。)に係る試験研究費の額については、次の試験研究費の額の区分に応じた金額を税額控除の対象とする。

イ 医薬品、医療機器又は再生医療等製品(以下「医薬品等」という。)に係る試験研究のうちその医薬品等の有効性及び安全性の確認のために行う臨床試験(科学的な質及び成績の信頼性が確保されているものに限る。)の委託に係る試験研究費の額 その試験研究費の額

ロ 上記イ以外の試験研究費の額 その試験研究費の額の50%相当額(令和8年4月1日から令和9年3月31 日までの間に開始する事業年度については70%相当額とし、令和9年4月1日から令和10年3月31日までの間に開始する事業年度については60%相当額とする。)

⑥ その他所要の措置を講ずる。

(3)給与等の支給額が増加した場合の税額控除制度について、次の措置を講ずる(所得税についても同様とする。)。

① 全法人向けの措置は、令和8年3月31 日をもって廃止する。

② 常時使用する従業員の数が2,000人以下である法人向けの措置は、適用期限(令和9年3月31日)の到来をもって廃止することとし、令和8年4月1日から令和9年3月31日までの間に開始する事業年度について、次の見直しを行う。

イ 原則の税額控除率(10%)が適用できる場合を、継続雇用者給与等支給額の継続雇用者比較給与等支給額に対する増加割合が4%以上(現行:3%以上)である場合とする。

ロ 継続雇用者給与等支給額の継続雇用者比較給与等支給額に対する増加割合が4%以上である場合に税額控除率に15%を加算する措置を、その増加割合が5%以上である場合に税額控除率に5%(その増加割合が6%以上である場合には、15%)を加算する措置とする。

ハ 教育訓練費に係る上乗せ措置は、廃止する。

③ 中小企業向けの措置における教育訓練費に係る上乗せ措置は、廃止する。

(4)戦略分野国内生産促進税制について、次の見直しを行う。

① 特定生産性向上設備等投資促進税制(上記(1)の措置)の適用を受けた特定機械装置等の取得価額は、半導体税額控除限度額の計算の基礎となる半導体生産用資産及びこれとともに半導体を生産するために直接又は間接に使用する減価償却資産に投資した金額に含めないこととする。

② 特定生産性向上設備等投資促進税制(上記(1)の措置)の適用を受けた特定機械装置等の取得価額は、特定商品税額控除限度額の計算の基礎となる特定商品生産用資産及びこれとともに特定産業競争力基盤強化商品を生産するために直接又は間接に使用する減価償却資産に投資した金額に含めないこととする。

③ 継続雇用者給与等支給額に係る要件及び国内設備投資額に係る要件のいずれにも該当しない場合に、税額控除の規定を適用できないこととする措置について、次の見直しを行う。

イ 継続雇用者給与等支給額に係る要件を、継続雇用者給与等支給額の継続雇用者比較給与等支給額に対する増加割合が2%以上(現行:1%以上)であることとする。

ロ 継続雇用者給与等支給額に係る要件及び国内設備投資額に係る要件のいずれにも該当しないこととの要件を、継続雇用者給与等支給額に係る要件又は国内設備投資額に係る要件のいずれかに該当しないこととの要件とする。

(5)大企業につき研究開発税制等の生産性の向上に関連する税額控除の規定(特定税額控除規定)を適用できないこととする措置について、次の見直しを行った上、その適用期限を令和11 年3月31日まで延長する(所得税についても同様とする。)。

① 特定税額控除規定に、研究開発税制のうち重点産業技術試験研究費の額に係る措置(上記(2)①の措置)(繰越税額控除制度を除く。)を加える。

② 継続雇用者給与等支給額に係る要件について、次の見直しを行う。

イ 継続雇用者給与等支給額の継続雇用者比較給与等支給額に対する増加割合が1%以上であること(現行:継続雇用者給与等支給額が継続雇用者比較給与等支給額を超えること)とする。

ロ 資本金の額等が10億円以上であり、かつ、常時使用する従業員の数が1,000人以上である場合又は常時使用する従業員の数が2,000 人を超える場合及び前事業年度の所得の金額が零を超える一定の場合のいずれにも該当する場合における要件の上乗せ措置について、継続雇用者給与等支給額の継続雇用者比較給与等支給額に対する増加割合が2%以上(現行:1%以上)であることとする。

③ 次の制度について、継続雇用者給与等支給額に係る要件及び国内設備投資額に係る要件のいずれにも該当しないこととの要件を、継続雇用者給与等支給額に係る要件又は国内設備投資額に係る要件のいずれかに該当しないこととの要件とする。

イ 地域経済牽引事業の促進区域内において特定事業用機械等を取得した場合の税額控除制度

ロ カーボンニュートラルに向けた投資促進税制における税額控除制度

(6)特定事業活動として特別新事業開拓事業者の株式の取得をした場合の課税の特例について、関係法令の改正を前提に次の措置を講じた上、その適用期限を2年延長する。

① 増資特定株式に係る措置について、次の見直しを行う。

イ 中小企業者以外の法人が取得をする内国法人の株式の取得価額要件を2億円以上(現行:1億円以上)に引き上げる。

ロ 下記③の改正に伴い、下記③により特別勘定を設けている又は設けていた株式と同一の銘柄の株式の取得をする場合におけるその取得をする株式をこの措置の対象から除外する。

② 発行法人以外の者から購入により取得した特定株式でその取得により総株主の議決権の過半数を有することとなるものに係る措置について、次の見直しを行う。

イ 取得価額要件を7億円以上(現行:5億円以上)に引き上げる。

ロ 特別勘定に係る特定株式の発行法人の事業の成長発展が図られたことにつき明らかにされた場合において、その特別勘定を設けている法人を合併法人とし、その発行法人を被合併法人とする合併が行われたときは、その被合併法人に係る特別勘定は、その合併の日を含む事業年度の翌事業年度開始の日から5年間で特別勘定の残高の均等額を取り崩して、益金算入することとする。

ハ 下記③の改正に伴い、下記③により特別勘定を設けている又は設けていた株式と同一の銘柄の株式の取得をする場合におけるその取得をする株式をこの措置の対象から除外する。

③ 対象となる特定株式に、発行法人以外の者から購入により取得した特別新事業開拓事業者の株式でその取得の日から3年以内に発行法人の総株主の議決権の過半数を有することとなることが見込まれるもの(その取得の直前において発行法人の総株主の議決権の過半数を有するものを除く。)を加え、その特定株式の取得価額の20%以下の金額を特別勘定の金額として経理した場合には、その事業年度の所得の金額を上限に、その経理した金額の合計額を損金算入できることとする。

(注1)
上記の特定株式に係る対象となる取得価額の上限は、200億円とする。

(注2)
上記の特定株式の要件は、取得価額要件を3億円以上とするほか、上記②の特定株式の要件と同様とする。

(注3)
上記の特定株式に係る特別勘定の取崩し事由は、次のとおり現行の取崩し事由を見直した事由とするほか、上記②の特定株式の取崩し事由と同様とする。

イ 上記の特定株式の取得から3年を経過した場合には、特別勘定の金額を取り崩して、益金算入する。ただし、その取得の日から3年以内に、その発行法人の総株主の議決権の過半数を有することとなった場合はこの限りでない。

ロ 上記イただし書の場合において、対象法人が特定株式に係る特別新事業開拓事業者の総株主の議決権の過半数を有しないこととなったときは、特別勘定の金額を取り崩して、益金算入する。

ハ 特別勘定に係る特定株式の発行法人の事業の成長発展が図られたことにつき明らかにされた場合において、その特別勘定を設けている法人を合併法人とし、その発行法人を被合併法人とする合併が行われたときは、その被合併法人に係る特別勘定は、その合併の日を含む事業年度の翌事業年度開始の日から5年間で特別勘定の残高の均等額を取り崩して、益金算入する。

(注4)
増資特定株式でその取得の日が令和5年4月1日以後であるものにつき特別勘定を設けている又は設けていたものと同一の銘柄の株式の取得をする場合におけるその取得をする株式は、この措置の対象外とする。

④ その他所要の措置を講ずる。

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続いて地方税。

(1)国税(1)の新設に伴い、特別償却制度を法人住民税及び法人事業税に、税額控除制度を中小企業者等に係る法人住民税に適用する。

(2)国税(2)の見直し及び延長に伴い、税額控除制度を中小企業者等に係る法人住民税に適用する。

(3)給与等の支給額が増加した場合の付加価値割の課税標準からの控除制度(中小企業向けの措置を除く)について、適用期限(令和9年3月31日)の到来をもって廃止することとし、令和8年4月1日から令和9年3月31日までの間に開始する事業年度について、次の見直しを行う。

① 適用対象を、常時使用する従業員の数が2,000人以下である法人に限ることとする。

② 適用要件を、継続雇用者給与等支給額の継続雇用者比較給与等支給額に対する増加割合が4%以上(現行:3%以上)であることとする。

(4)国税(3)の見直しに伴い、税額控除制度を中小企業者等に係る法人住民税に適用する。

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今回は特別控除関連の見直しが中心でした。

現時点で制度の内容を完全に把握するというより、該当した場合(該当しそうな場合)にしっかりと規定を確認すると良いでしょう。

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